AUTELA integra la Comisión Interinstitucional que funciona en la órbita de la Dirección General de la Salud del Ministerio de Salud Pública.

Su cometido es: 

a) asesorar en materia de su competencia

b) asesorar al Poder Ejecutivo a los efectos de mantener actualizada la reglamentación que regula el funcionamiento de los Laboratorios de Análisis Clínicos.

c) asesorar en relación a categorización de los laboratorios especializados. 

d) asesorar sobre los requisitos, condiciones y características que debe cumplir el personal de los Laboratorios Clínicos.

e) asesorar en todo otro tema que le asigne el MSP.

En 2005 a través del trabajo de la comisión se aprueba el decreto 129/005 y en abril de 2009 se incorpora el anexo 3 al mencionado decreto, que incluye nuevas áreas al laboratorio clínico.